Organizace vykonává činnost základní školy praktické, základní školy speciální a školní družiny.
Součástí výchovně vzdělávací soustavy jsou základní školy samostatně zřízené pro žáky se zdravotním postižením. Tyto školy poskytují pomocí zvláštních výchovných a vyučovacích metod, prostředků a forem výchovu a vzdělávání žákům mentálně, smyslově nebo tělesně postiženým, žákům s vadami řeči, žákům s více vadami, žákům obtížně vychovatelným a žákům nemocným a oslabeným, umístěným ve zdravotnických zařízeních a umožňují těmto žákům budoucí společenské a pracovní uplatnění.
ZŠ Vodňany, nám 5. května 104 je zřízena Krajským úřadem Jihočeského kraje jako příspěvková organizace.
Organizace poskytuje základní vzdělávání, které vede k tomu, aby si žáci osvojili potřebné strategie učení a na jejich základě byli motivováni k celoživotnímu učení, aby se učili tvořivě myslet a řešit přiměřené problémy, účinně komunikovat a spolupracovat, chránit své fyzické i duševní zdraví, vytvořené hodnoty a životní prostředí. Základní vzdělávání poskytuje speciálně pedagogickou péči žákům se speciálními vzdělávacími potřebami.
Ukončením vzdělávacího programu základního vzdělávání v základní škole speciální získává žák základy vzdělání.
Ve školní družině poskytuje organizace zájmové vzdělávání žákům obou škol. Zájmové vzdělávání organizuje především pro účastníky přihlášené k pravidelné denní docházce.
Ve škole je v současné době 6 tříd základní školy praktické – dříve ZvŠ (9 ročníků) a 1 třída základní školy speciální – dříve pomocné školy. Součástí organizace je školní družina s jedním oddělením.
Základní školu praktickou navštěvují žáci 1. až 9. ročníku. Vzdělávají se zde žáci s takovými rozumovými nedostatky, pro které se nemohou s úspěchem vzdělávat v běžné základní škole. Vyučuje se podle Vzdělávacího programu ZvŠ č.j. 22 980/97-22, schváleného MŠMT ČR a podle Školního vzdělávacího programu. Počet žáků se pohybuje okolo padesáti.
Základní školu speciální navštěvují obtížně vzdělavatelní mentálně postižení žáci. Tento typ školy byl v naší organizaci uveden do provozu poprvé ve školním roce 2003-2004. Vyučování probíhá v jedné třídě v počtu 5 až 8 žáků. Vyučuje se podle Vzdělávacího programu PŠ č.j. 24 035/97-22, schváleného MŠMT ČR.
